Em 2000 a cantora se reencontrou com os parceiros Geraldo Azevedo e Zé Ramalho para gravar o CD e DVD O grande encontro III – Ao vivo, no Rio de Janeiro, e contou com as participações especiais de Lenine, Belchior e Moraes Moreira.

Em seguida, seguiu com Geraldo Azevedo para Los Angeles - EUA, onde gravaram um disco ao vivo, destinado ao mercado norte-americano. No repertório estão músicas que fizeram sucesso na voz dos dois artistas. Retornando ao Brasil, Elba recebeu o convite para participar do evento Rock In Rio III, juntamente com Zé Ramalho. Elba também é a única artista brasileira a participar de todas as edições do Rock In Rio no Brasil.



No ano seguinte, lançou o álbum Cirandeira, contendo forrós, xotes e baiões; o trabalho contou com as participações especiais de Lenine (na faixa-título de abertura), Geraldo Azevedo (nas canções Se eu tivesse asa e Estrela soberana, esta última, além de ser a faixa de encerramento, é também uma homenagem a Nossa Senhora) e Zeca Baleiro (nas músicas Alma nua eSem ganzá não é coco), e trouxe duas regravações: a clássica Patativa (Vicente Celestino) e a pouco conhecida Forró de Surubim, de Antônio Barros, mas a primeira música de trabalho foi a romântica Entre o céu e o mar, que integrou a trilha sonora da novela Porto dos Milagres, de Aguinaldo Silva.



No álbum Elba canta Luís (2002) homenageou Luís Gonzaga, O Rei do Baião, compositor do qual recebeu grande influência e que já havia gravado canções no trabalhos anteriores. Luís foi o principal nome responsável pela popularização dos gêneros nordestinos no eixo Rio-São Paulo. O álbum, que trouxe canções consagradas e pouco conhecidas do Mestre Lua, contou com as participações especiais de Dominguinhos (Canta Luís), Fubá de Taperoá e Dió Araújo (Calango da Lacraia) e Zeca Pagodinho (O Xamego da Guiomar), e também originou um espetáculo calcado na divulgação deste, do qual saiu um CD ao vivo e um DVD, ambos gravados no Rio de Janeiro - Elba ao vivo (2003) que também trouxe o clássico Luar do Sertão, de João Pernambuco e Catulo da Paixão Cearense. O trabalho que marca a saída da gravadora BMG é Baião de dois (2005), gravado com Dominguinhos e priorizando canções deste, além de músicas do grupo Falamansa (Chama) e Zezum (Onde está você).



De maneira independente, lançou em 2007 o elogiado CD Qual o assunto que mais lhe interessa? que contou com a produção de Lula, Yuri e Tostão Queiroga. O CD coloca em discussão temas que ocupam os noticiários e questionam a contemporaneidade; dos nordestinos habituais - frevo, boi maranhense, ciranda, xote - ao samba. O álbum lhe valeu o prêmio Grammy Latinoem 2008 na categoria regional contemporâneo e inspirou o DVD Raízes e antenas, lançado no mesmo ano, um misto de documentário e registro ao vivo.

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O ano de 2009 marca as três décadas de carreira, com o mais recente álbum Balaio de amor, lançado pela gravadora independente Biscoito Fino, cujo repertório é composto por baladas românticas com canções da nova safra de compositores nordestinos. No mesmo ano, os CDs antigos - LPs originais que haviam sido relançados anteriormente em CD - da fase de maior popularidade da carreira, Alegria, Coração brasileiro, Do jeito que a gente gosta e Fogo na mistura (lançados entre 1982 e 1985), que estavam fora de catálogo há muito tempo, voltaram às lojas, com capas, contracapas e encartes originais completos - na reedição anterior ele havia sido suprimido ou reduzido -, letras de todas as músicas, nova remasterização e texto interno com a história do álbum no encarte, redigido pelo jornalista e crítico musical Rodrigo Faour, que também idealizou a coleção. O mesmo aconteceu em 2010 com o álbum Elba (1981), na série Caçadores de música da Sony Music, o único que ainda permanecia inédito no formato digital.